《三年行動計劃》監督檢查工作主要分為三部分。一是生態環境監測機構數據質量專項檢查(簡稱監測機構檢查);二是排污單位自行監測數據質量專項檢查(簡稱排污單位檢查);三是環境自動監測運維質量專項檢查(簡稱運維質量檢查)。在上述專項檢查中，同步對地方生態環境部門落實《意見》情況進行檢查。

(一)關于監測機構檢查

　　生態環境部每年隨機抽查生態環境監測機構約200家，包括省、市、縣級生態環境部門所屬的監測機構20-40家;機動車檢驗機構約100家，其他社會化環境監測機構60-80家。

　　檢查內容主要包括：資質認定有效期和監測/檢測能力范圍、儀器設備檢定校準、標準物質使用、監測/檢測報告和原始記錄等情況;嚴肅查處篡改、偽造監測數據和報告等弄虛作假行為。

(二)關于排污單位檢查

　　生態環境部以京津冀及周邊地區、長三角地區、汾渭平原等區域為重點，檢查造紙、火電、水泥、鋼鐵、焦化、化工、城市污水處理等重點行業排污單位手工監測和自動監測等自行監測數據質量;結合污染源自動監控年度工作重點，組織對不正常運行污染源自動監控設施或弄虛作假等違法行為開展檢查。

　　檢查內容主要包括：自行監測方案、原始記錄等基礎信息、異常情況處理、監測信息公開等情況;自動監控設施建設、日常運行維護校準、設備比對校驗情況以及數據的真實性、準確性、完整性等情況。

(三)關于運維質量檢查

　　生態環境部對國家、省級、地市級環境空氣和地表水自動監測站點的運維質量開展專項檢查，每年隨機選取約10%的國控、省控、市控點位或斷面，共約150個環境空氣站點或約200個地表水斷面。

　　檢查內容主要包括：標準規范及管理制度執行情況、自動監測儀器設備運行情況、標準樣品使用情況、質量體系運行情況、運維保障情況(含人員、車輛、備機備品備件和質控設備等)、監測數據弄虛作假情況等。

　　結合上述檢查工作，生態環境部對地方生態環境部門落實《意見》情況進行檢查。檢查內容主要包括：防范和懲治生態環境監測數據弄虛作假責任體系、工作機制、制度建立及執行情況;本地區監測質量管理工作開展和保障情況，以及不當干預監測問題的監督和處理情況;生態環境部約談、通報生態環境監測不當干預問題的整改落等。